DNA BARCODING
La técnica del código de barras de ADN se desarrolló alrededor de 2003 desde Genoma Canadá como un nuevo método para identificar y clasificar especies de organismos vivos (revisado en Ratnasingham and Hebert, 2013). Hasta entonces, los científicos usaban las características morfológicas de los organismos para identificarlos y clasificarlos.
El código de barras genético es un método rápido, objetivo y replicable y la iniciativa se ha extendido rápidamente en un esfuerzo de identificación de la biodiversidad existente en el planeta (ejemplo: “Barcoding Alaska” https://experiment.com/projects/barcoding-alaska). Desde entonces se han publicado más de 6000 publicaciones científicas que utilizan esta técnica, algunas de las cuales han implicado a estudiantes de grado y de enseñanza media (http://boldsystems.org). La base de datos de códigos de barras para las ciencias de la vida (BOLD por Barcode of Life DataSystems) contiene secuencias de más 150 marcadores genéticos, incluyendo los 4 códigos de barras de ADN más usados: COI-5P, ITS, matK, y rbcL.
Las secuencias obtenidas se comparan con las ya existentes en una base de datos pública y sirven para confirmar especies ya identificadas o pueden conducir a la identificación de nuevas especies cuando aparecen variaciones respecto a las secuencias ya conocidas. Si bien el código de barras genético permite clasificar especies, están apareciendo constantemente nuevas aplicaciones en campos como la salud (por contaminación con especies perjudiciales) o la protección del consumidor (por publicidad engañosa) y del medio ambiente.
Protocolos de Laboratorio
Proyecto OpenLab
Protocolo de extracción de ADN vegetal por el Método de Edwards
El objetivo de este protocolo es obtener una muestra de ADN a partir de un ejemplar de la especie en estudio. En este protocolo se explican los pasos básicos para llevar a cabo una correcta extracción de ADN.
Materiales:
Especímenes de la especie / Placa Petri / Bisturí / Pinzas / Tubos Eppendorf de 1,5ml. / Reactivos (Tampón Edwards, Fenol:cloroformo, isopropanol, etanol 70% y agua Milli-Q ) / Termobloque / Vórtex.
GUÍA
Amplificación por PCR y electroforesis en gel de agarosa. Cuantificación y evaluación de la pureza de las muestras de ADN
El objetivo de este protocolo es amplificar el gen de la Citocromo Oxidaxa I de las muestras de ADN extraídas de cada una de las especies. De esta forma obtendremos una concentración del gen suficiente para mandar a secuenciar y poder realizar el análisis bioinformático.
Obtener datos de la muestra antes de empezar a trabajar con ella. Estos datos se van a obtener usando un equipo de espectrofotometría, en concreto se ha usado el NanoDrop ND-100 Spectrophotometer.
Materiales :
Consultad el documento completo de Protocolos: